채권입찰제가 적용되는 판교신도시 중대형 아파트의 취득·등록세는 채권손실액을 뺀 순수 분양가에 대해서만 부과된다. 양도소득세는 채권할인에 따른 손실액이 필요경비로 인정돼 양도차익에서 공제된다. 8일 행정자치부에 따르면 채권입찰제가 적용되는 판교신도시 중대형아파트는 채권손실액을 취득세 과표에 포함시키지 않고 순수 분양가에 대해서만 과세하기로 했다. 행자부 관계자는 "소비자가 아파트를 분양받기 위해 매입하는 2종 국민주택채권은 만기때 전액 환급받는 것이며 당첨확률을 높이기 위한 수단으로 취득세 과표에 넣기 어렵다"며 "발코니 확장이나 새시 비용이 취득가에 포함되는 것과는 다른 개념으로 봐야 한다"고 밝혔다. 지난 1980~1990년대 아파트 채권입찰제가 시행됐을 당시 채권상한액이나 채권손실액은 취득세 과표 대상에 포함하지 않았다. 이에 따라 판교 중대형 아파트 44평형의 경우 분양가 상한제를 적용한 분양가가 5억6000만원이라면 다음달 초 취득.등록세 인하 방침에 따라 입주시 5억6000만원의 2.7%(농특세.교육세 포함)인 1512만원을 납부하면 된다. 반면 양도소득세는 "국민주택 채권을 만기 전에 은행, 증권사 등에 양도함으로써 생긴 매각차손은 양도자산의 필요경비로 공제한다"는 소득세법 시행령에 따라 채권손실액을 경비로 인정하기로 했다. 이에 따라 채권상한액이 6억5800만원이고, 채권매입 즉시 38%의 이자율로 할인하면 채권손실액 2억5004만원으로 나중에 집을 팔 때 양도차익에서 빼면 돼 그만큼 양도세 부담이 줄어들게 된다. 국세청 관계자는 "채권을 할인하지 않고 만기까지 보유할 경우 그 금액을 환급받으면 되지만 양도세 필요경비로 인정받지는 못한다"고 말했다.